En el monasterio del Escorial se encuentra un manuscrito que recoge los 132 volúmenes que contenía la biblioteca monástica de Oña a comienzos del siglo XIII. En este listado había libros religiosos, entre ellos dos biblias visigóticas, clásicos latinos de Virgilio, Ovidio y Juvenal, y también obras de gramática, entre otros.
Todos estos códices se han perdido sin excepción, aunque se conservan algunos fragmentos. Es el caso de la conocida como Biblia de Oña, de mediados del siglo X, y de las Colaciones de Casiano. Algunos de estos fragmentos se han recuperado porque servían de pasta de encuadernación para otros libros en los que se archivaban documentos notariales. La desaparición de los valiosos libros de la biblioteca medieval benedictina contrasta con la conservación de 1.600 pergaminos, la mayoría relacionados con las propiedades del monasterio de Oña.
Había una biblioteca, sí, pero entre los monjes de Oña existían también poetas. William J. Entwistle reconstruyó en 1928, en sus hexámetros originales, sesenta versos de un poema en latín que había sido prosificado casi literalmente en la Crónica Najerense. Esta composición poética se hizo en Oña, donde se encuentra enterrado el rey Sancho II de Castilla, que es a quien está dedicado el Carmen de morte Sanctii regis. Destaca también que en ese poema se empieza a comprobar ya cómo crece la leyenda del Cid, cuyo famoso cantar en romance es posterior.
De Oña sale también uno de los primeros textos literarios en romance castellano. Al dorso de un documento oficial fechado en 1201 aparece, copiada de una original anterior, la Disputa del alma y el cuerpo, que inicia el género de los debates didácticos dentro de la literatura castellana. Está inspirado en un poema francés del siglo XII, que proviene a su vez de unos versos latinos, pero no hay que entenderlo como una traducción sino como un desafío literario para buscar modelos válidos para el desarrollo de la incipiente literatura romance.
El espacio dedicado por los monjes a biblioteca también ha desaparecido del antiguo convento benedictino, aunque hay algunas referencias a ella en cronistas antiguos. En 1880 los jesuitas compraron el monasterio a un particular, que lo había adquirido en la época de la desamortización de los bienes eclesiásticos, y construyeron así su propia biblioteca, con 80.000 volúmenes al servicio de las facultades de Teología y Filosofía. El mueble-biblioteca, de tres plantas, fue desmontado en 2001 por la Diputación Provincial de Burgos y colocado en el Centro Cultural de San Agustín, en Burgos, cuyas instalaciones ya están abiertas al público.