Desde un punto de vista geográfico, Oña es una lugar de transición entre la comarca natural de la Bureba y la de la Montaña de Burgos donde se incluye la zona de las Merindades. Los terrenos de la Bureba son del Terciario y horizontales y los de la Sierra de Oña, dentro del sistema de los montes Obarenes, son cretácicos y plegados. Las tierras llanas burebanas son arenas y arcillas miocenas y las tierras altas de Oña son calizas del Cretácico Superior. Las condiciones climáticas son similares, aunque en Oña llueve más que en la Bureba y menos que en las Merindades. Oña es una zona de transición y resulta curioso comprobar como destacados especialistas, como Ortega Valcárcel, no incluyen a Oña ni en su estudio sobre la Bureba ni en el dedicado a la Montaña de Burgos.
La noticia más antigua de Oña es del año 967 y habla de un alfoz, aunque hay noticias en crónicas árabes que mencionan el lugar en batallas que se libraron con anterioridad. Este distrito territorial con castillo desaparece cuando el conde Sancho García, en el año 1011, funda el monasterio de Oña. Esta abadía alcanza tal poder económico y político en la época medieval que su autonomía le permite quedar, en ciertos periodos, al margen de las autoridades civiles y eclesiásticas hispánicas y depender directamente de Roma.
Durante la época de las merindades, la pertenencia de Oña a la Merindad de la Bureba aparece reflejada tardíamente y en unos documentos es incluida y en otros no. Con respecto a la Merindad de Castilla Vieja, se incluyen en ella lugares como Santé, perteneciente al municipio de Oña, tal y como se recoge en el Libro Becerro de las Behetrías (1352). Es decir, la ubicación administrativa aparece dubitativa e incide en ese carácter fronterizo y de singular autonomía de Oña debido al poder abacial. En el famoso Pleito de los cien testigos entre Oña y Frías, en el siglo XIII, entran en disputa unos solares en Pino (la Bureba) y Montejo (Castilla Vieja). El abad oniense niega la relación entre ambas propiedades en un traspaso que se había realizado entre la ciudad y el monasterio porque cada solar estaba en una merindad distinta y en medio se hayaba Oña y otras muchas aldeas.
Es cierto, en cambio, que a medida que disminuye la influencia benedictina la vinculación administrativa de Oña a la Bureba se va reafirmando en la documentación hasta la actualidad. Los problemas de ubicación de Oña en la Bureba se deben a que se han superpuesto y se han hecho coincidir los límites territoriales de realidades distintas como son la región natural, la histórica y la administrativa.